Sora muta aspetto urbanistico dopo che il ducato
viene acquistato dai Boncompagni nel 1589. Un certo fermento artistico ed
architettonico, lo sviluppo di un'economia pre-industriale, l'attività
instancabile del vescovo Gerolamo Giovannelli e l'ardente fede della duchessa
Costanza Sforza Boncompagni favorirono la costruzione o il restauro di alcune
chiese o di bei palazzi, insieme all'ampliamento degli assi stradali.
Anche la nostra chiesa subisce una radicale
trasformazione dell'antico aspetto, per assumere il tradizionale travestimento
barocco che travolge la spirituale e semplice austerità di un tempo.
Le strutture murarie della navata centrale furono
appesantite dalla rincocciatura dei pilastri e degli archi ogivali, che persero
l'originario slancio per l'abbassamento del soffitto a cassettoni; le navate
centrali furono coperte da volte a vela dipinte. La chiesa fu provvista di
organo e di un nuovo altare maggiore. La sacrestia fu ampliata, messa in
comunicazione con una porta sulla cui architrave c'è inciso il nome del vescovo
Tommaso Guzoni e arrichita di arredi e reliquiari.
Nel 1734 il vescovo Gabriele De Marchis apre nel
lato meridionale un maestoso portale sormontato da timpano, mentre si
costruisce un avancapo sulla fronte principale per ricavare ambienti idonei ad
alloggiare il coro d'inverno, a prosecuzione della navata destra, e il
Battistero, oggi ufficio parrocchiale, ad espanzione della navata sinistra. La
chiesa fu così ulteriormente allungata.
Nella seconda metà del '700 si addossava alla
navata destra un altro corpo, la cappella del Purgatorio, a destra della
cappella del Rosario. Pregevoli arredi sacri ne testimoniano la ricchezza e la
preminenza raggiunta in questo periodo, anche per il mutamento socio-economico
e l'affermazione di un ceto medio-alto di artigiani, professionisti,
intellettuali.
Nell'800 la chiesa viene pavimentata con marmo e
arricchita da decorazioni tardo barocche.
Tale situazione è quella documentata da una
fotografia della fine del secolo: il presbiterio è delimitato da una balaustra
marmorea a colonnette, la chiesa è appesantita da un altare a baldacchino con
colonne tortili e dal soffitto a cassettoni che ne limitano lo slancio.
È forse provvidenziale l'incendio del 13 febbraio
1916 che distrugge parzialmente la cattedrale e rivela l'arco a sesto acuto
della navata centrale. L'ing. Paolo Cassinis, lo stesso progettista della nuova
chiesa di S.Restituta ricostruita dopo il terremoto del 1915, riportò il rigore
austero dell'edificio nello stile gotico-cistercenze ravvisabile anche nella
chiesa di San Domenico abate.
La navata centrale mantenne tutta la sua altezza di
11 m. che culminò nel fastigio interrotto da monofore laterali e da una bifora
frontale simile a quelle dell'ultimo piano del campanile.
Il seminario, che prima era in diretta
comunicazione con la chiesa, divenne un corpo di fabbrica isolato.
L'incendio portò alla luce l'arco di Roffrido,
prima ricoperto da uno spesso intonaco rossastro di cui ancora rimangono
tracce.
Nel 1961 la chiesa fu rivestita da intonaci che
imitavano la porosità del travertino, fu ripavimentata e provvista di una nuova
sedia vescovile, di un altare e di un pulpito di imitazione cosmatesca. Oggi il
pulpito è stato eliminato, è l'altare maggiore spicca sulla parete di fondo,
liberata dagli intonaci, in cui si ravvisano murature di diverse epoche.